Nos Services

Life and Soft propose des services en informatique scientifique pour les sciences de la vie.
Nous travaillons pour l'industrie pharmaceutique et cosmétique, les laboratoires de diagnostique et la recherche.
Notre ambition est de devenir votre partenaire privilégié en bioinformatique.

Analyse de données

Analyse sur-mesure de vos données avec reporting approfondi.

Gestion de Projets

Gestion complète de vos projets scientifiques: de la conception à l'interpretation.

Formation

Formations sur les outils et méthodes, adaptées à vos besoins.

Développement à façon

Solutions innovantes basées sur vos requis où la technologie Life and Soft.

Administration Systèmes

Administration des systèmes de calcul à haute performance (Logiciel et materiel).

Service Distant

Tous nos services peuvent être fournis sur site ou à distance. Expertise cloud.

Life and Soft vous accompagne dans vos analyses bioinformatiques
pour optimiser la valeur de vos données de séquençage.

Nous contacter

Nos Solutions

Life and Soft exploite son experience des worfklows d'analyse de données et des interfaces de visualisation
pour vous proposer des solutions "clé en main" pour l'exploitation de données NGS et le design de séquences CRISPR.

Onco LifePipe®

Un outil dédié au cancer pour la détection de mutation somatique et l'analyse de dynamique clonale. Onco LifePipe® est un pipeline rapide et complet basé sur les algorithmes de pointe pour la detection et l'annotation de variants.

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Nanobiome®

Un système complet de gestion du séquençage pour l'exploration du microbiome de vos échantillons. Nanobiome® est une application qui permet la description de micro-organismes pour le diagnostic et la recherche, le tout accessible sur une interface web avec un compte sécurisé pour exécuter et suivre vos analyses.

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CRISPR LifePipe®

Notre application pour le design de séquence gRNA et donor template requises pour l'édition de génome basée sur le système CRISPR/Cas9. CRISPR LifePipe® est un outil complet et paramétrable pour faciliter et optimiser vos expériences CRISPR.

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Des services de séquençage sont disponibles avec des technologies Illumina et Nanopore pour une large gamme d'applications.


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Nos réalisation R&D

L'équipe multidisciplinaire de Life and Soft offre son expertise dans des domaines variés de la recherche.

Single cell RNAseq

Nous avons développé une solution complète d’analyse des données de single cell RNAseq, afin d’aider les scientifiques à analyser leurs données. Notre solution inclue un pipeline bioinformatique permettant de générer des matrices de comptage à partir des données brutes de séquençage. Un second pipeline biostatistique permet ensuite d’interpréter ces résultats afin de répondre à différentes problématiques scientifiques : depuis l’identification de sous-population cellulaire jusqu’à la comparaison d’échantillons. Note solution utilise les outils et méthodologies de l’état de l’art ainsi que des algorithmes particuliers que nous avons développés afin de générer un rapport d’analyse complet de vos expériences.

FASTQ In-Silico

Un des points les plus critiques en bioinformatique est la validation des pipelines, composés d’une succession d’outils différents ayant chacun une fonction particulière. La plupart des algorithmes de l’état de l’art ont été développés et validés grâce à des jeu de données spécifiques et doivent être adaptés s’ils sont utilisés pour l’analyse de données obtenues dans des conditions différentes. Une méthode pour valider les pipelines est l’utilisation de « mock », des échantillons biologiques entièrement caractérisés. Néanmoins, du fait de la variabilité expérimentale en amont de l’analyse bioinformatique ils ne doivent pas être utilisés comme unique méthode de validation. L’utilisation de données de séquençage artificielles, dont le contenu est entièrement maitrisé, permet la validation et le paramétrage des pipelines bioinformatiques indépendamment de la variabilité induite par le protocole expérimental.

Microbiome 16S

Le microbiote peut être étudié grâce à différentes méthodes depuis la culture cellulaire jusqu’au séquençage des espèces. Parmi les méthodes les plus fréquemment utilisées, on retrouve le séquençage du gène codant pour l’ARN ribosomique 16S. Ce gène, d’une longueur de 1500 nucléotides, présente une organisation particulière avec 9 régions variables séparées par des régions conservées entre les espèces. C’est l’étude de ces régions variables qui permet de caractériser un échantillon en identifiant les espèces présentes. Life&Soft a développé des méthodes capables d’analyser les données de séquençage 16S afin de fournir un rapport d’analyse complet comprenant diverses mesures de la diversité d’un échantillon ainsi qu’une assignation taxonomique réalisée grâce à diverses bases de données.

Nanopore®

La technologie NanoPore® est une technologie de séquençage innovante permettant notamment le séquençage de l’ADN natif d’un échantillon sans amplification préalable de l’ADN par PCR. Nous avons investi dans cette technologie pour notre nouvelle activité de laboratoire et ainsi pu réaliser différentes preuves de concept. Un de nos principaux domaines d’application avec cette approche est la métagénomique : nous avons ainsi séquencé le génome de différents types d’échantillons bactériens afin de valider la faisabilité expérimentale, mais également de développer des méthodes d’analyses innovantes dédiées à ces nouveaux résultats de séquençage. Life&Soft vous propose de vous guider dans vos projets de séquençage avec NanoPore® depuis la mise au point du protocole expérimental jusqu’à l’analyse de données générées.

Partenaires

Life and Soft a établi des partenariats avec des sociétés leader de l'informatique scientifique pour répondre à vos besoins.
Nous proposons des services de développement autour des outils Knime et Pipeline Pilot.

Dotmatics
Chemaxon
Knime
Oracle

Mode de Déploiement Flexible

Optez pour un accès en mode SaaS ou une installation On-Premise.

Cloud      On-Premise

Expertise NGS

Nous vous proposons un grand panel d’analyses permettant de valoriser les informations des séquences nucléotidiques issues de vos expériences NGS.

Technologies

Illumina©
Roche©
Life Technologies©
Oxford Nanopore©

Applications

Whole Genome Sequencing
Whole Exome Sequencing
Targeted Genes Panel
RNA Seq

Design

Life and Soft vous aide à choisir la technologie la plus adaptée pour répondre à vos besoins : Analyse de variants, diagnostic viral, etude du microbiome, analyses transcriptomiques.

Analyse

Workflows d'analyse et statistiques personnalisés.
Rapports d’expérience sur mesure à partir de puissants outils de visualisation.

Actualité

CEA

Communiqué de Presse

4
August , 2020

Life & Soft et le CEA unissent leurs expertises pour développer des solutions d’analyses innovantes et répondre aux besoins de soins de santé personnalisés

Dans ce cadre, le département IDMIT (Diseases Models for Innovative Therapies) de l’Institut de Biologie François Jacob du CEA (CEA-Jacob) accueille dans ses locaux sur le site Fontenay-aux-Roses le laboratoire de séquençage de Life & Soft. Cet accord de collaboration a été signé en avril 2020 pour une durée de trois ans. En savoir plus...

Nanoware

Gérez vos analyses Nanopore avec Nanoware

18
June , 2020

Automatisez la gestion de vos séquençage Nanopore et de vos rapports d'analyse avec NanoWare de Life et Soft.
Cette première version est dédiée au génotypage SARS-COV-2 et à l'analyse épidémiologique.

COVID-19 : Life and Soft se mobilise

COVID-19 : Life and Soft se mobilise

10
Avril , 2020

Dans le contexte de la crise sanitaire du COVID-19, Life & Soft rejoint l'effort collectif et se mobilise pour trouver des solutions innovantes contre la pandémie. Life & Soft travaille sur des méthodes alternatives de dépistage COVID-19 et d’études épidémiologiques exploitant les données de séquençages.Dès à présent, nous mettons à profit notre séquenceur Nanopore® GridION et notre expertise en bioinformatique pour participer à la lutte contre le virus !

Scientific Report Publication

Life and Soft publie dans Scientific Reports

12
Mars, 2018

Life and Soft a publié aujourd'hui dans Scientific Reports, en collaboration l'université Université Paris-Sud and le Laboratoire CERBA, une étude sur le DPNI. En analysant des données NGS d'ADN circulant dans le plasma maternal, nous avons dévellopé une méthode breveté pour la detection et la quantification absolue de l'ADN viral. L'application au CMV pourrait améliorer le dépistage prénatal. Plus d'information ici

9èmes Assises de Génétique Humaine et Médicale

9èmes Assises de Génétique Humaine et Médicale

24
Janvier , 2018

Life & Soft participera aux Assises de Génétique Humaine et Médicale à Nantes, du 24 au 26 janvier. Vous retrouverez nos équipes au stand 41 ainsi qu'à l'espace poster pour une présentation de notre travail sur la quantification de micro-organismes à partir de données issues de WGS. N'hésitez pas à nous contacter pour planifier une entrevue pendant l'évènement.

Innov'inMED 2017

Journées SFG 2017

16
Novembre , 2017

Life and Soft est partenaire des Journées 2017 de la société française de génétique, consacrées cette année à CRISPR. Retrouvez nous du 16 au 18 novembre, à la faculté des sciences de Montpellier.

Innov'inMED 2017

Innov'inMED 2017

26
Octobre , 2017

Dans le cadre de notre partenariat avec le bio-accélérateur On[e]Life, nous serons présents au forum Innov'InMED les 26 et 27 octobre, à Marseille. Life and Soft participera au symposium "Les promesses des technologies numériques pour Les sciences de la vie et de la santé". Nous vous attendons nombreux pour discuter de la place de la bioinformatique dans la médecine de précision.

ESHG

ESHG 2017

27
Mai , 2017

Life and Soft participera au prochain congrès de l’European Society of Human Genetics, du 27 au 30 mai, à Copenhague. Vous pourrez notamment y découvrir les dernières évolutions de notre gamme de solutions LifePipe® permettant l’exploitation des données NGS et le design des séquences nucléotidiques pour applications CRISPR.

Comment rendre l’informatique plus souple et ouverte pour l’innovation ?

10
Oct , 2016

Life and Soft a construit un partenariat avec KNIME après une formation à Zurich en Novembre 2015. Life and Soft est le premier partenaire Life Sciences de KNIME en France ! Désormais nous fournissons une offre plus large à nos clients que ce soit sur des problématiques NGS, de chemoinformatique ou plus généralement de middleware.

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