Notre laboratoire


En 2020 a débuté la collaboration avec l'Institut de Biologie François Jacob, CEA. Grâce à cette nouvelle opportunité, le département IDMIT nous a accueilli dans ses locaux.

Spécialisé dans les maladies infectieuses, le département IDMIT excelle dans le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques et de vaccins de nouvelle génération dans le modèle préclinique de primates non humains.

De ce fait, nous bénéficions de laboratoires de recherche de pointe sous conditions biosécurités BSL1, BSL2 et BSL3, certifiés ISO 9001-2015.




Le service


Notre installation principale prend en charge le processus de séquençage de la conception de l'étude jusqu'à l'analyse des données, avec des solutions haut de gamme innovantes.

Notre expérience est enrichie par une bonne gestion des échantillons, extraction de l'ADN et stockage.

De multiples services bioinformatiques pour l'analyse des données séquencées sont disponibles.

Applications



Génome entier

Séquençage du génome complet pour un aperçu global des variations génomiques.

Séquençage ciblé

Détecter des variants connus ou nouveaux dans une région d'intérêt.

Métagénomique

Caractériser des populations de micro-organismes.

Détection de virus

Séquençage complet du génome viral

Transcriptomique

Explorer le transcriptome pour déterminer le profil d'expression d'un organisme.

Epigénomique

Etudier la régulation des gènes avec l'épigénétique.

Technologies de séquençage

Notre plateforme offre une analyse de séquençage pour différentes applications. Il est possible de déterminer une composition microbienne précise dans des échantillons environnementaux ou biologiques et analyser des profils transcriptomiques ou épigénétiques. L'intégration des données acquises permet d'explorer des modifications ou les différences d'expression.
Selon le projet, plusieurs approches sont exploitables.

Nanopore


La technologie Nanopore nous permet de séquencer à la fois des fragments d'ADN/ARN et des régions très longues.

Il est donc possible de séquencer des génomes bactériens et viraux complets avec le séquençage de lectures longues. Cela permet ainsi d'identifier et caractériser des variants viraux et des souches bactériennes.

La plateforme est équipée pour analyser des échantillons d'ADN complexes. Une composition microbienne précise peut être déterminée dans des échantillons environnementaux, de sol, de microbiote et autres, en identifiant avec précision les souches et les variants.

La méthode long reads nous permet d'identifier des mutations précises dans des échantillons eucaryotes (insertions, délétions, modifications de bases) pour identifier de nouveaux biomarqueurs de cancer.

Equipements: MinION, GridION



Illumina


La technologie Illumina est basée sur l'amplification de l'ADN. Elle permet un large éventail d'analyses avec une haute précision.

Le séquençage des régions hyper variables (16S, 18S) est la méthode classique pour caractériser un microbiote et déterminer l'abondance bactérienne.

Le séquençage de l'ADNr 16S spécifique aux bactéries, permet une discrimination efficace du genre taxonomique.

Equipement: MiSeq



Chromium 10X Genomics


La technologie Chromium 10X permet un Séquençage de l'ARN sur une cellule unique. Elle est basée sur la séparation de cellules d'un échantillon dans une gouttelette lipidique à l'aide d'un système de microfluide. Le code-barre unique de chaque cellule et transcrit permet l'analyse transcriptomique de cellules individuelles.

Nous utilisons 10X Cell Ranger avec un pipeline interne pour éliminer les cellules biaisées (cellules mourantes, doublets, gouttelettes vides) et caractériser avec précision un échantillon complexe. Les données transcriptomiques sont analysées et il est possible de déterminer les profils d'activation sur des groupes de cellules identifiées ainsi que d'explorer des différences d'expression.

Equipements: Chromium and NextSeq2000



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